Suite à la destruction de l'Elysion par les chevaliers d'Athéna, Seiya est dans le coma, avec l'épee d'Hades dans le coeur, ils partent tous dans le passé pour tanter de le sauver. Pendant ce temps, en Elysion, les sceaux qu'Hadès avait placer pour retenir ses prisonniers se brisent un à un.
Suite à cela, le prêtre Imhotep, sort de son sarcophage, et commence sojn travail de résurection des dieux egyptiens. En commençant par Anubis, dieux des morts, qui reprend les commandes des enfers.
(le laps de temps de 10 ans s'expliquent par le fait qu'ils mettront beaucoup de temps pour faire revenir les dieux à la vie.) Au bout de 10 ans, les plaies de l'égypte ancienne commencent à s'abattre sur le sanctuaire.
Une nouvelle guerre sainte commence. Peut-être la plus terrible que les chevaliers d'Athena est eu à affronter.