Les Golden Eyes sont quelques rares hommes et femmes reconnaissables à leurs yeux couleur or, persécutés et ségrégés par le reste de la population et par le gouvernement.
Rae MILGRAND, un Golden Eyes, a réussi malgré tout à entrer dans l'armée. Bien que brimé par ses camarades, Rae ne se laisse pas abattre et est soutenu par son commandant Dane VOYLAND qui est contre cette ségrégation.
Mais un jour, Rae va apprendre par hasard un secret au sein de l’armée, attestant du changement profond de l'Etat de Republica et qui bouleversera sa vie.