Aeon suit l'histoire d' Idis, un jeune homme libéré de prison et enrôlé par Varise pour combattre une menace redoutable, Tarantulas. Accompagné de Doyde son meilleur ami, Idis cherche la rédemption en affrontant des défis. Entre promesses de libération et lutte contre les incestes évolués, Idis doit dépasser son passé pour préserver l'avenir de leur monde.